julia_workbench/Dockerfile

# Base : Debian Bookworm avec Julia 1.10 pré-installé
FROM julia:1.10-bookworm

# Métadonnées
LABEL maintainer="jmbatto"
LABEL description="Environnement de portage Julia -> C avec PDI/HDF5 et Outils graphiques"

# Arguments pour gérer l'utilisateur (évite les fichiers root sur le host)
ARG USER_ID=1001
ARG GROUP_ID=1001
ARG USER_NAME=coder

# 1. Installation des dépendances système (C/C++, HDF5, Outils graphiques, Build tools)
# Nous incluons gdb et valgrind pour la rigueur du C.
# Nous incluons les libs X11 pour l'affichage des plots.
RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends \
    build-essential \
	nano \
	sudo \
	lsof \
	gawk \
	emacs \
	jq \
	neofetch \
    cmake \
    git \
    libhdf5-dev \
    libz-dev \
    pkg-config \
    gdb \
    valgrind \
    clang-format \
    libx11-6 \
    libxext6 \
    libxrender1 \
    libxtst6 \
    xauth \
    ca-certificates \
	iputils-ping \
	pkg-config \
	colordiff \
	mpi-default-dev \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# Configuration de l'environnement pour PDI
ENV PDI_DIR=/usr/local
ENV LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib
ENV CPATH=/usr/local/include
ENV PREFIX=/usr/local
# 2. Installation de PDI (Build from source pour exclure MPI et garantir HDF5)
# Nous clonons, configurons et installons PDI dans /usr/local
WORKDIR /tmp/pdi-build
RUN git clone https://github.com/pdidev/pdi.git . && \
    mkdir build && cd build && \
    cmake \
        -DBUILD_MPI=OFF \
        -DBUILD_DECL_HDF5_PLUGIN=ON \
        -DBUILD_SHARED_LIBS=ON \
		-DBUILD_FORTRAN=OFF \
		-DBUILD_HDF5_PARALLEL=OFF \
		-DBUILD_NETCDF_PARALLEL=OFF \
        -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local \
        .. && \
    make -j$(nproc) && \
    make install && \
    ldconfig && \
    cd / && rm -rf /tmp/pdi-build

# 3. Pré-installation des packages Julia essentiels pour le portage
# HDF5.jl pour lire/écrire ce que PDI manipule
# Plots.jl pour la visualisation
RUN julia -e 'import Pkg; Pkg.add(["HDF5", "Plots", "DataFrames"]); Pkg.precompile()'

# 4. Création de l'utilisateur non-root
RUN groupadd -g ${GROUP_ID} ${USER_NAME} && \
    useradd -m -u ${USER_ID} -g ${USER_NAME} -s /bin/bash ${USER_NAME}



# Passage à l'utilisateur
USER ${USER_NAME}
WORKDIR /home/${USER_NAME}/project

# Point d'entrée par défaut : un shell bash prêt à l'emploi
CMD ["/bin/bash"]