julia_workbench/Dockerfile

# Base : Debian Bookworm avec Julia 1.10 pré-installé
FROM julia:1.10-bookworm

# Métadonnées
LABEL maintainer="jmbatto"

LABEL description="Environnement Julia -> C avec PDI, HDF5, GTK4, Profiling et Xvfb"
# Arguments pour gérer l'utilisateur (évite les fichiers root sur le host)
ARG USER_ID=1001
ARG GROUP_ID=1001
ARG USER_NAME=coder

# 1. Installation des dépendances système (C/C++, HDF5, Outils graphiques, Build tools)
# Nous incluons gdb et valgrind pour la rigueur du C.
# Nous incluons les libs X11 pour l'affichage des plots.
RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends \
    build-essential \
	nano \
	sudo \
	lsof \
	gawk \
	emacs \
	jq \
	neofetch \
    cmake \
    git \
    libhdf5-dev \
    libz-dev \
    pkg-config \
    gdb \
    valgrind \
    clang-format \
    libx11-6 \
    libxext6 \
    libxrender1 \
    libxtst6 \
    xauth \
    ca-certificates \
	iputils-ping \
	pkg-config \
	colordiff \
	mpi-default-dev \
	# --- Bibliothèques Scientifiques ---
    libhdf5-dev libz-dev \
    # --- X11 & Affichage de base ---
    libx11-6 libxext6 libxrender1 libxtst6 xauth \
	xvfb \
	libgl1-mesa-dri \
    libgl1 \
    # --- DÉPENDANCES GTK4 & CAIRO (Le correctif est ici) ---
    libgtk-4-1 \
	libgtk-3-0 \
    libglib2.0-0 \
    libcairo2 \
    libpango-1.0-0 \
    libharfbuzz0b \
    libgdk-pixbuf-2.0-0 \
	libgdk-pixbuf2.0-bin \
    libgraphene-1.0-0 \
    librsvg2-common \
    shared-mime-info \
    # --- Thèmes & Polices (Indispensable pour éviter le crash GTK) ---
    adwaita-icon-theme-full \
    hicolor-icon-theme \
    fonts-liberation \
    # --- Outils de Graphisme (Pour PProf/Graphviz) ---
    graphviz \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

RUN LOADER_PATH=$(find /usr/lib -name gdk-pixbuf-query-loaders | head -n 1) && \
    ln -s $LOADER_PATH /usr/bin/gdk-pixbuf-query-loaders && \
    # On lance une première mise à jour du cache système maintenant
    gdk-pixbuf-query-loaders --update-cache && \
    echo "GDK Pixbuf loaders fixed and cached."


# Configuration de l'environnement pour PDI
ENV PDI_DIR=/usr/local
ENV LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib
ENV CPATH=/usr/local/include
ENV PREFIX=/usr/local
# 2. Installation de PDI (Build from source pour exclure MPI et garantir HDF5)
# Nous clonons, configurons et installons PDI dans /usr/local
WORKDIR /tmp/pdi-build
RUN git clone https://github.com/pdidev/pdi.git . && \
    mkdir build && cd build && \
    cmake \
        -DBUILD_MPI=OFF \
        -DBUILD_DECL_HDF5_PLUGIN=ON \
        -DBUILD_SHARED_LIBS=ON \
		-DBUILD_FORTRAN=OFF \
		-DBUILD_HDF5_PARALLEL=OFF \
		-DBUILD_NETCDF_PARALLEL=OFF \
        -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local \
        .. && \
    make -j$(nproc) && \
    make install && \
    ldconfig && \
    cd / && rm -rf /tmp/pdi-build

# 3. Pré-installation Julia (Avec Xvfb configuré proprement)
# --server-args :
#    "-screen 0 1920x1080x24" : Assure une géométrie valide pour les calculs de layout
#    "-nolisten tcp"         : Désactive l'écoute réseau (Sécurité/Propreté)
RUN rm /usr/local/julia/lib/julia/libstdc++.so.6
RUN ln -sf /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 /usr/local/julia/lib/julia/libstdc++.so.6
ENV LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6
RUN xvfb-run --auto-servernum --server-args="-screen 0 1920x1080x24 -nolisten tcp" \
    julia -e 'import Pkg; \
    # 1. On ajoute les paquets
    Pkg.add(["HDF5", "Plots", "DataFrames", "Gtk4", "Gtk", "ProfileView", "PProf", "Reexport"]); \
    # 2. Fix de compatibilité binaire (GLib 2.74 / Cairo 1.18)
    Pkg.add(name="Glib_jll", version="2.74"); \
    Pkg.pin("Glib_jll"); \
    Pkg.add(name="Cairo_jll", version="1.18.2"); \
    Pkg.pin("Cairo_jll"); \
    # 3. Précompilation
    Pkg.precompile()'

# 4. Création de l'utilisateur non-root
RUN groupadd -g ${GROUP_ID} ${USER_NAME}
RUN adduser --uid ${GROUP_ID} --gid  ${GROUP_ID} --home /home/${USER_NAME} --shell /bin/bash --disabled-password --gecos '' ${USER_NAME} 
RUN passwd -d ${USER_NAME}
RUN adduser ${USER_NAME} sudo
RUN mkdir -p /usr/local/var
RUN chown ${USER_NAME} /usr/local/var

ENV LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu 

# Passage à l'utilisateur
USER ${USER_NAME}
WORKDIR /home/${USER_NAME}/project

# Point d'entrée par défaut : un shell bash prêt à l'emploi
CMD ["/bin/bash"]